Kaoru Kamiya, maître adjoint et héritière du dojo du même nom enseigne la technique du sabre qui protège la vie. Chaque soir celle-ci parcourt les rues de Tokyo afin de trouver et démasquer un criminel commettant ses actes sous le nom de «Battosai l’assassin», ancien membre des patriotes, qui fut le plus craint des assassins durant le Bakamatsu (guerre interne entre les patriotes et les partisans de l’empereur). Durant ses recherches elle va faire la connaissance de Kenshin Himura, un simple vagabond pacifiste, porteur d’un sabre à lame inversé. Par la suite devant affronter l’assassin et ses hommes pour sauver Kaoru, Kenshin devra révéler sa véritable identité, celui-ci n’est autre que le véritable Battosai. Alors qu’il s’apprêtait à partir après avoir résolu cette affaire Kaoru le convainc de rester en lui disant ce-ci : « Je n’ai pas demandé à Battosai de rester mais à vous le vagabond ».
Ainsi commence l’histoire de Kenshin.